Edificata originariamente nel 1477, venne completamente restaurata nel corso del 1780-1791. La sua costruzione fu collegata alla fondazione del Convento, voluto da Antonella Palagano. Nacque come Casa delle Religiose del Terz’Ordine dei Penitenti e successivamente come secondo Ordine delle Clarisse. Prende il nome da San Giovanni e Lionelli, il primo in riferimento all’antica chiesa di San Giovanni, mentre Lionelli per il nome del marito di Antonella Palagano, Lionello Falconario. Sono di notevole interesse gli altari in marmi policromi, consacrati insieme all’altare maggiore nel 1782 dalla badessa suor Marianna Campitelli. Di profondo gusto sono le tele di Nicola Menzele, il “Battesimo di Cristo” di Filippo Falciatore del 1768 e le opere di Giambattista Calò.